Nach seinem Studium der Wirtschaftswissenschaften arbeitete Jürgen Schuster von 1988 bis 1993 für den Süddeutschen Rundfunk (SDR) zunächst als Referent in der Intendanz, danach war er für den Aufbau und die Leitung der Programmwirtschaft in der Fernsehdirektion des SDR zuständig.
Parallel dazu promovierte er in Kooperation mit dem SDR im Rahmen eines von der deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) geförderten Projekts über strategisches Management von öffentlich-rechtlichen Fernsehunternehmen.

Im November 1993 wechselte er zu RTL Television nach Köln, wo er mit dem Aufbau und der Leitung der neu geschaffenen Stabsstelle Produktionsmanagement beauftragt war. Während dieser Zeit unterstützte er im Verlauf des Jahres 1996 im Auftrag von RTL den Aufbau der Firma Action Concept als weiterer Geschäftsführer.

Im Oktober 1999 kam er schließlich zur UFA Film und TV Produktion, wo er in die Geschäftsführung verschiedener Firmen eintrat, u.a. der teamWorx in Berlin und der HDTV in München bis Juni 2002).

Seit Januar 2002 ist Jürgen Schuster auch Mitglied der Geschäftsführung der Phoenix-Film in Berlin. Bei der teamWorx Television & Film GmbH mit den Firmenniederlassungen in Berlin, Köln, München, Leipzig und Ludwigsburg ist er seit 1999 als Geschäftsführer und Produzent tätig.

Jürgen Schuster hat an zahlreichen preisgekrönten Filmen als Produzent mitgewirkt. Zu den erfolgreichsten Produktionen zählt der Zweiteiler „Die Flucht“, der bei seiner Ausstrahlung mehr als 13 Mio. Zuschauer erreichte und u.a. mit dem Publikums-Bambi sowie als „Bester TV-Film“ beim Shanghai Television Festival ausgezeichnet wurde.
Weitere mehrfach ausgezeichnete Fernsehspiele waren „Das Wunder von Berlin“ (Deutscher Fernsehpreis für den Schauspieler Michael Gwisdek sowie „Golden Chest“ für das beste Drehbuch, bester Film beim International TV Festival in Budapest), „Nicht alle waren Mörder“ (drei Grimme Preise) und zuletzt „Mogadischu“, der u.a. mit der „Romy“, der „Diva“, der „Goldenen Kamera“ sowie beim Bayrischen Fernsehpreis mit einem Sonderpreis für den Regisseur Roland Suso Richter ausgezeichnet wurde. „Mogadischu“ wurde im September 2009 beim deutschen Fernsehpreis als „Bester Fernsehfilm“ ausgezeichnet.

Im Frühjahr 2008 wurde er zudem in die Geschäftsführung der neu gegründeten UFA Cinema berufen, wo er dieses Jahr eine Reihe von Kinoproduktionen produzentisch betreut, u.a. „Teufelskicker“, „Hanni & Nanni“, „Tauben auf dem Dach (AT) sowie „Dschungelkind“ .

Mit der Wiederbelebung des Kinobrands UFA, als eine der weltweit bekanntesten und traditionsreichsten Marken im Kinoproduktionsmarkt setzt Bertelsmann, die RTL Group und FremantleMedia ein deutliches Zeichen für die starke Bedeutung des Kinos auch im digitalen Zeitalter.